Puszcza Niepołomice – Polonia Bytom | ŁKS Łódź – Ruch Chorzów
OKS 1945 Olsztyn – Widzew Łódź | Dolcan Ząbki – Górnik Zabrze
Gryf Wejherowo – Korona Kielce | Piast Gliwice – Cracovia
Ruch Radzionków – Polonia Warszawa | Chrobry Głogów – Lech Poznań
Rozwój II Katowice – Legia Warszawa | Okocimski KS Brzesko – Śląsk Wrocław
Podbeskidzie Bielsko-Biała – GKS Bełchatów | Ruch Zdzieszowice – Jagiellonia B.
Limanovia Limanowa – Lechia Gdańsk | Olimpia Elbląg – Arka Gdynia
MKS Kluczbork – Zagłębie Lubin | Flota Świnoujście – Wisła Kraków


Spotkania te odbędą się 20-22 września oraz 27-29 września.W tej fazie rozgrywek zespoły rozegrają tylko jedno spotkanie. Zwycięzca awansuje do kolejnej rundy, w której będzie obowiązywać identyczna zasada. Finał Pucharu Polski odbędzie się 24 kwietnia 2012 roku na Stadionie Narodowym w Warszawie.
W tym sezonie prawa telewizyjne od 1/16 Pucharu Polski posiadają stacje TVP Sport oraz TVN Turbo.